Bakteriální znečištění vody ve větší míře postihuje povrchové zdroje. Nejpravděpodobnější je v létě

Běžnou součástí povrchových a podzemních vod jsou mimo jiné bakterie a další mikroorganismy. Řada z nich je přirozených, do vodního prostředí se však mohou dostat i nežádoucí mikroorganismy. Aby vodu mohl člověk bez problémů konzumovat, musí projí procesem úpravy, která ze surové vody veškeré škodliviny odstraní. Nežádoucí bakterie se v Česku nejvíce vyskytují v povrchových zdrojích vody, a to zejména v letních měsících. Podzemní vody jsou pak často kontaminovány vsakem znečištěných odpadních vod nebo pastvou dobytka.